กล้องจุลทรรศน์ Microscope มีตั้งแต่กล้องจุลทรรศน์แบบเลนส์เดี่ยวไปจนถึงชิ้นงานที่ซับซ้อนพร้อมระบบภาพ กล้องจุลทรรศน์แตกต่างกันไปตามความละเอียดการขยายวิธีการส่องสว่างชนิดของภาพมุมมองระดับของระบบอัตโนมัติเป็นต้น
ขึ้นอยู่กับแหล่งกำเนิดรังสีกล้องจุลทรรศน์สามารถจำแนกได้เป็นแสงอิเล็กตรอนและคอนโฟคอล กล้องจุลทรรศน์แสงใช้แสงที่มองเห็นเป็นแหล่งกำเนิดรังสี กล้องจุลทรรศน์แสงสามารถจำแนกได้อีกครั้งเป็นกล้องจุลทรรศน์สเตอริโอและกล้องจุลทรรศน์สารประกอบ กล้องจุลทรรศน์สเตอริโอเป็นที่รู้จักกันทั่วไปว่าเป็นกล้องจุลทรรศน์ผ่าซึ่งสามารถให้มุมมอง 3 มิติของวัตถุ กล้องจุลทรรศน์แบบผสมให้มุมมองสองมิติของวัตถุที่สามารถใช้สำหรับวัตถุประสงค์ในห้องปฏิบัติการ กล้องจุลทรรศน์คอนทราสต์เฟสและกล้องจุลทรรศน์ฟิลด์มืดปรับเปลี่ยนหลักการของกล้องจุลทรรศน์แสงเพื่อเพิ่มคุณภาพการมองเห็นของชิ้นงาน กล้องจุลทรรศน์แบบจุ่มน้ำมันใช้น้ำมันระหว่างเลนส์กับชิ้นงานเพื่อเพิ่มกำลังขยาย
กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน Microscope เป็นประเภทที่ซับซ้อนซึ่งใช้กระแสอิเล็กตรอนเป็นแหล่งกำเนิดรังสีแทนแสง สิ่งเหล่านี้สามารถมั่นใจได้ในระดับที่สูงขึ้นของการขยายและใช้อย่างมีประสิทธิภาพในด้านธรณีวิทยาการแพทย์และโบราณคดี กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องผ่านใช้เพื่อขยายรายละเอียดภายในของชิ้นงานโดยใช้ลำอิเล็กตรอน ภาพสามมิติของพื้นผิวชิ้นงานสามารถวิเคราะห์ได้โดยใช้กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบสแกน กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องผ่านกำลังสแกนเป็นการดัดแปลง TEM ซึ่งจะสแกนวัตถุในอัตราที่เร็วกว่า Confocal microscopes เป็นระบบอัตโนมัติสูงและใช้เลเซอร์เป็นแหล่งกำเนิดรังสี กล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนซ์ทำให้สิ่งส่งตรวจย้อมด้วยรังสีโดยเฉพาะเพื่อให้ภาพที่สว่างขึ้น
กล้องจุลทรรศน์โพรบสแกนเป็นกลุ่มของกล้องจุลทรรศน์ซึ่งสร้างรูปภาพโดยการสแกนชิ้นงานโดยใช้โพรบทางกายภาพ กล้องจุลทรรศน์โพรบการสแกนส่วนใหญ่จะประกอบด้วยกล้องจุลทรรศน์การขุดอุโมงค์, กล้องจุลทรรศน์แรงปรมาณู, ออปติคัลไมโครสโคปแบบออปติคัลแบบใกล้สนามเป็นต้นซึ่งสิ่งเหล่านี้มีประโยชน์อย่างมากในด้านนาโนเทคโนโลยี นอกจากนี้ยังมีกล้องจุลทรรศน์ที่ใช้แรงแม่เหล็กไมโครเวฟอะคูสติกและอื่น ๆ กล้องจุลทรรศน์อนุมานใช้กับวัตถุโปร่งใสที่มองไม่เห็นภายใต้กล้องจุลทรรศน์ธรรมดา